CURSO:BIOLOGIA COMPUTACIONAL TRADUCCION:COMPUTATIONAL BIOLOGY SIGLA:BIO210B CREDITOS:10 MODULOS:04 CARACTER:OPTATIVO TIPO:CATEDRA,TALLER CALIFICACION:ESTANDAR PALABRAS CLAVE:BIOLOGIA,ALGORITMOS,PYTHON,LENGUAJE R NIVEL FORMATIVO:PREGRADO I.DESCRIPCIÓN DEL CURSO En este curso el estudiantado analizara el valor de la informatica en los estudios biologicos y desarrollara las habilidades logicas requeridas para dise?ar, implementar y ejecutar programas. Mediante catedras, tareas y pasos practicos aprenderan los fundamentos de los lenguajes de programacion Python y R, asi como tambien algunos comandos y aspectos de programacion y automatizacion de tareas en la shell de UNIX. Las evaluaciones incluyen interrogaciones, informes y tareas de actividades practicas II.RESULTADOS DE APRENDIZAJE 1.Detectar problemas o procesos biologicos susceptibles de ser resueltos y/o modelados usando informatica. 2.Aplicar los fundamentos de los lenguajes Python y R en aplicaciones cientificas. 3.Utilizar los comandos basicos explicando como automatizar tareas en la shell de UNIX. 4.Aplicar los fundamentos para dise?ar, implementar y ejecutar programas sencillos pero utiles. 5.Efectuar biologia in silico empleando programas sofisticados para contextos simples en bioinformatica, bioestadistica y ecologia. III.CONTENIDOS 1.Introduccion 1.1.Tabla ASCII y caracteres especiales 1.2.Uso general de procesadores de texto y planillas de calculo 2.Programacion en R 2.1.Instalacion y estructura de programas en R 2.2.Tipos de datos, constantes, variables y funciones en R 2.3.Creacion y ejecucion de programas en R. Ejemplos practicos y simples de utilidad 3.Programacion en Python 3.1.Instalacion y estructura de programas en Python 3.2.Tipos de datos, constantes y variables en Python 3.3.Creacion y ejecucion de programas en Python. Ejemplos practicos y simples de utilidad 4.Introduccion a la shell de UNIX 4.1.Comandos basicos e intermedios de la shell de UNIX 4.2.Creacion y ejecucion de script para la shell UNIX. Ejemplos practicos y simples de utilidad. 4.3.Pseudocodigos y diagramas de flujo 5.Estructuras de datos biologicos 5.1.Formatos de datos de secuencia 5.2.Formatos de datos estructurales 5.3.Formato de datos de redes de interaccion biologicas 6.Importantes algoritmos bioinformaticos 6.1.Agrupamiento jerarquico y grafos de arboles 6.2.Curvas ROC y clasificacion 6.3.Programacion dinamica y alineamiento de secuencias 7.Resolucion de problemas practicos utilizando herramientas bioinformaticas 7.1.Ejercicios y tareas simples individuales 7.2.Ejercicios y tareas complejas en grupos 7.3.Apoyo y soporte en resolucion de problemas IV.ESTRATEGIAS METODOLOGICAS -Catedras. -Taller de casos practicos y reportes. -Aprendizaje entre pares. V.ESTRATEGIAS EVALUATIVAS -Pruebas escritas: 30% -Exposicion oral: 30% -Proyectos: 40% VI.BIBLIOGRAFIA Minima Stephen G. Kochan and Patrick Wood. Shell programming in Unix, Linux and OS X. Addison-Wesley Professional. Fourth Edition.2017. Gowrishankar S. Nath. and Veena A. Introduction to Python programming. Taylor and Francis Group, LLC.2019.Mohsen Mohsen Nady. Introduction to R Programming Language. Arcler Education Incorporated, 2021. Complementaria Paul Gries, Jennifer Campbell, and Jason Montojo. Practical programming: an introduction to computer science using Python 3.6. Pragmatic Bookshelf, 2017. PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS / JUNIO 2024