CURSO: INGENIERIA GENETICA Y BIOINFORMATICA TRADUCCION: GENETIC ENGINEERING AND BIOINFORMATICS SIGLA: BIO252I CREDITOS: 10 MODULOS: 02 CARACTER: MINIMO DISCIPLINA: BIOLOGIA I.DESCRIPCION Curso de introduccion a la genomica y la bioinformatica, con especial enfasis a las aplicaciones directas que de estas areas derivan, tanto en el ambito cientifico como tecnologico. Se abordara un amplio espectro de conceptos basicos y algunos conceptos avanzados de la bioinformatica, tanto de sus fundamentos como de sus aplicaciones. Este curso se limitara a la bioinformatica aplicada a aquellas moleculas que constituyen el esqueleto esencial del flujo de la informacion genetica en todo ser vivo: ADN, ARN, y proteinas. Se analizaran las principales herramientas bioinformaticas que involucren el analisis y prediccion de sus secuencias, estructuras y funcion. II. OBJETIVOS Al finalizar el curso el alumno sera capaz de: 1. Conocer los conceptos basicos y algunos conceptos avanzados de la bioinformatica, tanto de sus fundamentos como de sus aplicaciones. 2. Utilizar las herramientas existentes, y tambien a entender la teoria y los algoritmos sobre los cuales estas se basan, de manera de que ellos puedan comprender su funcionamiento y ser capaces de realizar un analisis critico, al estar en conocimiento de sus virtudes y limitaciones. 3. Conocer como se organizan las diversas bases de datos que contienen informacion biologica, en que consisten los algoritmos utilizados para generarlas, y como ser capaces de utilizar de buena forma las herramientas para extraer informacion util a partir de la gran cantidad de datos que se encuentran disponibles. 4. Comprender la importancia historica que ha tenido la integracion de la informatica con la biologia y de las posibles potencialidades futuras. 5. Generar hipotesis y dise?ar experimentos dirigidos a dilucidarlas a partir del analisis computacional de algunas situaciones particulares que envuelvan moleculas especificas de su interes. III. CONTENIDOS 1. Nacimiento de la bioinformatica. 2. Acidos nucleicos. 2.1. Estructura. 2.2. Bases de datos de secuencias. 2.3. Analisis de secuencias. 2.4. Algoritmos computacionales I. 2.5. Microarreglos de ADN y SAGE. 2.6. Genomica Funcional. 3. Proteinas. 3.1. De la secuencia a la estructura. 3.2. Metodos experimentales para determinar la estructura de proteinas. 3.3. Plegamiento de proteinas. 3.4. Arquitectura de proteinas. 3.5. Bases de datos. 3.6. Algoritmos computacionales I. 3.7. Prediccion de la estructura de proteinas. 3.8. Prediccion de funcion. 3.9. Algoritmos computacionales II. 3.10. Proyecto genomica estructural. 4. Proyecciones. 4.1. PCR. IV. METODOLOGIA Modulos semanales: - Catedras: 2 El curso se realiza utilizando metodologias de ense?anza centradas en el alumno que permitan a los estudiantes desarrollar las competencias definidas en los objetivos del curso. Este curso esta dise?ado de forma tal que el alumno dedique al estudio personal un promedio de 7 hrs. a la semana. V. EVALUACION Las evaluaciones pueden ser por medio de pruebas, proyectos y/o tareas. VI. BIBLIOGRAFIA Textos Minimos. Baxevanis, A., et. al. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 2nd edition. Wiley-Liss, 2001. Branden, C. & Tooze, J. Introduction to Protein Structure, 2nd edition. Garland Publishing, 1999. Creighton. Proteins: Structures and Molecular Properties, 2nd edition. W H Freeman & Co., 1992. Duda, R., et. al. Pattern Classification, 2nd edition. Wiley-Interscience, 2000. Lesk, A. Introduction to Protein Architecture: The Structural Biology of Proteins. Oxford University Press, 2001. Mount, D. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 1st edition. Cold Spring Harbor Laboratory, 2001. Theodoridis, S. & Koutroumbas, K. Pattern Recognition, 1st edition. Academic Press, 1999. Voet, D. & Voet, J. Biochemistry, 2nd edition. John Wiley & Sons, 1995. Serie de documentos acerca de topicos especificos escritos por el Profesor encargado de este curso, los cuales seran accesibles a traves de la pagina web del curso. PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS / Mayo de 2009