CURSO: BIOINFORMATICA Y GENOMICA
TRADUCCION: BIOINFORMATICS AND GENOMICS
SIGLA: BIO252C
CREDITOS: 05
MODULOS: 02
REQUISITOS: (BIO228C y BIO242C) o (BIO242C y BIO257C)
DISCIPLINA: BIOLOGIA
I. DESCRIPCION
Curso de introduccion a la genomica y la bioinformatica, con especial enfasis a las aplicaciones directas que de estas areas derivan, tanto en el ambito cientifico como tecnologico. Se abordara un amplio aspecto de conceptos basicos y algunos conceptos avanzados de la bioinformatica, tanto de sus fundamentos como de sus aplicaciones. Este curso se limitara a la bioinformatica aplicada a aquellas moleculas que constituyen el esqueleto esencial del flujo de la informacion genetica en todo ser vivo: ADN, ARN, y proteinas. Se analizaran las principales herramientas bioinformaticas que involucrenel analisis y prediccion de sus secuencias, estructurancion y funcion.
II. OBJETIVOS
1. Comprender los conceptos basicos y algunos avanzados de la bioinformatica, tanto de sus fundamentos como de sus aplicaciones. En este contexto, no solo se ense?ara a los alumnos a utilizar las herramientas existentes, sino que tambien a entender la teoria y los algoritmos sobre los cuales estas se basan de maneran de que ellos puedan comprender su funcionamiento y ser capaces de realizar un analisis critico, al estar en conocimiento de sus virtudes y limitaciones.
2. En particular, se pretende que los estudiantes adquieran el conocimiento de como se organizan las diversas bases de datos que contienen informacion biologica, en que consisten los algoritmos utilizados para generarlas, y como ser capaces de utilizar de buena forma las herramientas para extraer informacoon util a partir de la gran cantidad de datos que se encuentran disponibles.
3. Los estudiantes obtendran una vision global de la importancia historica que ha tenido la integracion de la informatica con la biologia y de las posibles potencialidades futuras. Tambien seran capaces de generar hipotesis y dise?ar experimentos dirigidos a dilucidarlas a partir del anaelisis computacional de algunas situaciones particulares que envuelvan moleculas especificas de su interes.
4. Este curso tendra un especial enfasis en la bioinformatica aplicada a aquellas moleculas que constituyen el esqueleto esencial del flujo de la informacion genetica en todo ser vivo: ADN, ARN, y proteinas. Se analizaran las principales herramientas bioinformaticas que involucren el analisis y prediccion de sus secuencias, estructuras y funcion.
III. CONTENIDOS
1. Nacimiento de la bioinformatica
2. Acidos nucleicos.
2.1 Estructura.
2.2 Bases de datos de secuencias.
2.3 Analisis de secuencias.
2.4 Algoritmos computacionales I.
2.5 Microarreglos de ADN.
2.6 Genomica Funcional.
3. Proteinas.
3.1 De la secuencia a la estructura.
3.2 Metodos experimentales para la determinacion de la estructura de proteinas.
3.3 Plegamiento de proteinas
3.4 Arquitectura de proteinas
3.5 Bases de datos.
3.6 Algoritmos computacionales I.
3.7 Prediccioonn de la estructura de proteinas.
3.8 Prediccion de funcion,
3.9 Algoritmos computacionales II.
3.10 Proyecto genomica estructural.
4. Otras moleculas.
5. Proyecciones.
IV. METODOLOGIA
El curso sera impartido principalmente por medio de clases contemplan expositivas con material audiovisual y uso dinamico en tiempo real de servidores web. Ademas se contemplan sesiones practicas en la sala de computacion, donde los alumnos seran dirigidos a llevar a cabo tareas puntuales utilizando una gran diversidad de software disponible en Internet o intalado localmente en los computadores de nuestra Facultad. Los alumnos contaran con el apoyo de una guia practica ubicada en la pagina web del curso, la cual es especialmente dise?ada para cumplir ese proposito. Las sesiones de laboratorio tambien permitiran a los alumnos desarrollar un trabajo grupal que consistira en la implementacion funcional de una aplicacion bioinformatica, la cual sera evaluada al final del semestre.
V. EVALUACION
Se realizaran pruebas escritas con preguntas de alternativa y de desarrollo. Tambien se evaluara un trabajo grupal realizado durante el semestre, el cual consistira en el desarrollo de una aplicacion bioinformatica especifica y su implementacion funcional en un servidor web.
VI. BIBLIOGRAFIA
Minima:
Baxevanis, Andreas D. (Editor);Ouellette, B. F. Francis and Baxevanis, R. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Wiley-Liss; ISBN: 0471383910; 2nd editionl (April 6, 2001).
Branden, Carl-Ivar; Tooze, John. Introduction to Protein Structure. Garland Publishing; ISBN: 0815323050; 2nd edition (January 15, 1999).
Creighton, Thomas E.; Freeman, W H & Co. Proteins: Structures and Molecular Properties.; ISBN: 071677030X; 2nd edition (August 1992)
Duda, Richard O.; Hart, Peter E.; Stork, David G. Pattern Classification. Wiley-Interscience; ISBN: 0471056693;2nd edition (October 2000).
Lesk, Arthur M. Introduction to Protein Architecture: The Structural Biology of Proteins. Oxford University Press; ISBN: 0198504748; (2001).
Mount, David W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory; ISBN: 0879696087; 1st edition (March 15,2001).
Theodoridis, Sergios;Koutroumbas, Konstantinos. Pattern Recognition.. Academic Press; ISBN: 0126861404; 1st edition (January 15, 1999).
Voet, Donald; Voet, Judith. Biochemistry. John Wiley & Sons; ISBN: 047158651X; 2nd edition (January 15, 1995)
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Serie de documentos acerca de topicos especificos escritos por el Profesor encargado de este curso, los cuales seran accesibles a traves de la pagina web del curso.
PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILE*
